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由于微生物種類多，其營養(yǎng)類型比較復雜，可以從幾個方面對其進行劃分：如從碳源利用方面劃分，可分為自養(yǎng)型和異養(yǎng)型，其中自養(yǎng)微生物是以二氧化碳為或主要碳源的，是不依賴任何有機營養(yǎng)物即可生長的微生物。而異養(yǎng)微生物是至少需要提供一種大量有機物才能滿足正常營養(yǎng)要求的微生物，即碳源必須是有機物，氫供體是有機物，能源則可由利用氧化有機物或吸收日光能獲得。按照能量來源不同，可分為光能營養(yǎng)型和化能營養(yǎng)型，分別以利用光和有機物釋放的化學能為能源。按照電子供體性質(zhì)不同，可分為無機營養(yǎng)型和有機營養(yǎng)型，分別以還原性無機物和有機物為電子供體。綜合起來，可將絕大部分微生物分為光能無機肉養(yǎng)型，光能有機異養(yǎng)型、化能無機自養(yǎng)型、化能有機異養(yǎng)型四種類型。其中化能有機異養(yǎng)型微生物占絕大多效，也是發(fā)酵下業(yè)生產(chǎn)的主力軍。某些菌株發(fā)生突變（自然突變或人工誘變）后，失去合成某種（或某些）對該菌株生長必不可少的物質(zhì)（通常是生長因子如氨基酸、維生素）的能力，必須從外界環(huán)境獲得該物質(zhì)才能生長繁殖。這種突變型菌株稱為營養(yǎng)缺陷型，相應的野生型菌株稱為原養(yǎng)型。在工業(yè)生產(chǎn)中應用營養(yǎng)缺陷型菌株進行生產(chǎn)的典型例子是氨基酸發(fā)酵。無論哪種分類方式，不同營養(yǎng)類型之間的界限并非絕對。異養(yǎng)型微生物并非絕對不能利用二氧化碳，只是不能以二氧化碳為或主要碳源進行生長，而且在有機物存在的情況下也可將二氧化碳同化為細胞物質(zhì)。同樣，自養(yǎng)型微生物也并非不能利用有機物進行生長。另外，有些微生物在不同的生長條件下生長時，其營養(yǎng)類型也會發(fā)生改變。例如紫色非硫細菌在無有機物時可以同化C02，為自養(yǎng)型微生物，而當有機物存在時，又可以利用有機物進行生長，此時為異養(yǎng)型微生物；在光照和厭氧條件下可利用光能生長，為光能營養(yǎng)型微生物，而在黑暗與好氡條件下，依靠有機物氧化產(chǎn)生的化學能生長，則為化能營養(yǎng)型微生物。本文參考《發(fā)酵工程原理及技術》一書。